Après leur spectaculaire évasion de l'enfer de la prison de Sona, Michael Scofield et son frère Lincoln Burrows sont déterminés à faire tomber La Compagnie, la société secrète qui a détruit leur vie et assassiné des êtres chers. Leur quête de vengeance les entraîne à Los Angeles où ils doivent mettre la main sur Scylla, le livre noir de La Compagnie, la preuve ultime ! 22 épisodes.