A peine a-t-il vaincu le docteur Wily que Megaman doit déjà faire face à trois nouvelles menaces. La première vient de Bass, un robot surpuissant qui s'est émancipé du docteur Wily pour réaliser son ultime ambition : vaincre Megaman et prouver qu'il est le robot le plus puissant du monde. La deuxième vient de l'énigmatique Mister X, qui profite d'un tournoi international de robots pour prendre le contrôle des meilleurs combattants de la compétition et ainsi conquérir la planète. Mais le plus grand danger vient peut-être de Megaman lui-même, que son combat contre Mister X a profondément transformé et qui projette à présent de détruire l'humanité ! Ses amis par viendront-ils à le ramener à la raison ? Et Protoman, aura-t-il un rôle à jouer dans cette histoire ? L'avenir du monde est plus que jamais incertain...